Železniční odvětví je řízeno maticově, odpovědnost za jednotlivé oblasti je rozprostřena mezi liniově řízené útvary Ministerstva dopravy a jemu podřízených organizací. Vrcholově za odvětví odpovídá ministr dopravy.

Řízení rozpočtu a strategie odvětví dopravy je v gesci sekce ekonomické a infrastrukturní. Sekce legislativní a právní je odpovědná za tvorbu legislativy. Sekce dopravní má na starosti koncepci rozvoje železniční dopravy, drážní předpisy a je objednavatelem dopravní obslužnosti vlaky dálkové a nadregionální dopravy.

Přípravu dopravních staveb posuzuje Centrální komise Ministerstva dopravy, jíž předsedá vrchní ředitel/ka pro řízení sekce ekonomické a infrastrukturní.

Místopředsedou Centrální komise je ředitel odboru strategie Ministerstva dopravy.

Členem centrální komise je ředitel Státního fondu dopravní infrastruktury a vrchní ředitel pro řízení sekce dopravní.

Financování dopravních staveb je realizováno ze státního rozpočtu a dalších zdrojů prostřednictvím Státního fondu dopravní infrastruktury.

Nejvyšším orgánem fondu je Výbor, jehož předsedou je ministr dopravy. Členy Výboru jsou ředitel odboru kanceláře ministra dopravy, náměstek člena vlády, ředitelka odboru ekonomiky a financování a ředitel odboru drážní dopravy.

Kontrolním orgánem je dozorčí rada, v jejímž čele je předseda Hospodářského výboru Parlamentu.

Správa železnic je řízena státem prostřednictvím správní rady, kterou jmenuje vláda na návrh ministra dopravy.

Členem správní rady je vrchní ředitel pro řízení sekce dopravní a člen Hospodářského výboru Poslanecké sněmovny.

Kontrolním orgánem Správy železnic je výbor pro audit. Členem výboru pro audit je vrchní ředite/ka pro řízení sekce ekonomické a infrastrukturní.